سند ماموریتی که وظایف اساسی و الزامات اصلاح ساختار کلان وزارت جهاد کشاورزی را مشخص کرده با سه ایراد اصلی مواجه است؛ اولین آنها مغایرت آن با قانون اساسی است، دومین مورد به موازی‌کاری بین دو سازمان حفاظت محیط‌زیست و وزارت جهاد کشاورزی برمی‌گردد و سومین مشکل تناقض ماموریتی در این وزارتخانه است. در نتیجه با تصویب آن شاهد شکل‌گیری نطفه آشفتگی مدیریتی در حفاظت از عرصه‌های طبیعی به عنوان مهم‌ترین دارایی کشورمان خواهیم بود، به این معنا که بسته به توان چانه‌زنی سازمان حفاظت محیط‌زیست و وزارت جهاد کشاورزی، سیاستگذاری‌ها و اقدامات اجرایی انجام خواهد شد.